FungiDB، پایگاه داده های نوین مربوط به نقشه ­ی ژنتیکی قارچ­ها

FungiDB، پايگاه داده¬هاي نوين مربوط به نقشه¬ي ژنتيكي قارچ-ها

FungiDB، پایگاه داده های نوین مربوط به نقشه ­ی ژنتیکی قارچ­ها

پیام بهزادی، الهام بهزادی

گروه میکروب­شناسی دانشگاه آزاد اسلامی، واحد شهرقدس

با توجه به روند رو به گسترش دانش ژنومیکس، توالی­ یابی و شناسایی کامل نقشه­ ی ژنتیکی موجودات مختلف زنده و از جمله قارچ­ها امری مهم و غیر قابل اجتناب است. هر چند که شناسایی نقشه ­ی ژنتیکی برخی از میکروارگانیزم­ها و ازجمله باکتری­ها، از پیشرفت زیادی برخوردار بوده؛ اما شمار نقشه­ ی ژنتیکی کامل قارچ­ها اندک بوده و به همین دلیل هنوز پرایمرهای یونیورسال و استاندارد زیادی برای قارچ­ها طراحی نشده است. با این­حال گسترش و نفوذ پرُسرعت دانش زیست ­شناسی مولکولی و ژنومیکس در قارچ­ شناسی، سبب شده است قارچ ­شناسان درصدد تهیه ­ی نقشه­ ی ژنتیکی قارچ­ها بر آمده تا بتوانند پرایمرهای یونیورسال و استاندارد را برای تشخیص مولکولی قارچ­ها تهیه کرده و از این طریق روش­های تشخیصی مولکولی قارچ­ها را متداول و فراگیر نمایند. در همین راستا، پایگاه داده­ های ویژه­ ای ایجاد گردیده که در بر دارنده­ ی توالی ژنومی ۱۷ گونه از اعضای شاخه ­های Ascomycota، Basidiomycota و Zygomycota می­باشد. پایگاه داده ­های ژنومی مزبور که به ­نام FungiDB (http://fungidb.org) به­ تازگی راه اندازی شده، می­تواند سرچشمه ­ی مناسبی برای پژوهشگران میکروب­شناس و قارچ ­شناس ایران ­زمین در پروژه ­های in silico باشد. پایگاه داده­ های FungiDB در مقایسه با Ensembl fungi، MycoCosm (http://jgi.doe.gov/fungi) و IMG tools یا Microbes Online از ویژگی­های خاصی برخوردار می­باشد. در حال حاضر، توالی ژنوم قارچ­های
Aspergillus clavatus، Aspergillus flavus،
Aspergillus fumigatus، Aspergillus nidulans،
Aspergillus niger، Aspergillus terreus، Candida albicans، Coccidioides immitis، ‍Cryptococcus neoformans،
Fusarium graminearum، Fusarium oxysporum،
Fusarium verticillioides (Gibberella moniliformis)، Magnaporthe oryzae، Neurospora crassa، Puccinia graminis، Rhizopus oryzae و Saccharomyces cerevisiae در پایگاه داده ­های FungiDB در دسترس کاربران می­باشد. در پایگاه مزبور، نرم افزارها و امکانات مناسبی برای کاربران در نظر گرفته شده که از طریق آن می­توان اقدام به ارســـــــال توالی­ یابی­های جدید و یا مقایسه ­ی توالی­های مورد مطالعه نمود. از آنجایی­که، پایگاه­ های داده­ های مربوط به نقشه­ ی ژنتیکی قارچ­ها بسیار اندک و انگشت شمار می­باشد، از این­رو، پژوهشگران ایرانی می­توانند با این پایگاه جدید بیشتر آشنا شده و از امکانات آن بهره­ مند گردند.

 

سرچشمه­ ها:

Stajich JE, Harris T, Brunk BP et al. FungiDB: An integrated functional genomics database for fungi, Nucl Acids Res; Nov 7, 2011.

 

برای دانلود فایلpdf  بر روی لینک زیر کلیک کنید

برچسبها
  • FungiDB
  • الهام بهزادي
  • پيام بهزادي
  • قارچ­ها
  • نقشه ­ي ژنتيكي

دیدگاهتان را بنویسید

نشانی ایمیل شما منتشر نخواهد شد. بخش‌های موردنیاز علامت‌گذاری شده‌اند *