FungiDB، پایگاه داده های نوین مربوط به نقشه ی ژنتیکی قارچها
پیام بهزادی، الهام بهزادی
گروه میکروبشناسی دانشگاه آزاد اسلامی، واحد شهرقدس
با توجه به روند رو به گسترش دانش ژنومیکس، توالی یابی و شناسایی کامل نقشه ی ژنتیکی موجودات مختلف زنده و از جمله قارچها امری مهم و غیر قابل اجتناب است. هر چند که شناسایی نقشه ی ژنتیکی برخی از میکروارگانیزمها و ازجمله باکتریها، از پیشرفت زیادی برخوردار بوده؛ اما شمار نقشه ی ژنتیکی کامل قارچها اندک بوده و به همین دلیل هنوز پرایمرهای یونیورسال و استاندارد زیادی برای قارچها طراحی نشده است. با اینحال گسترش و نفوذ پرُسرعت دانش زیست شناسی مولکولی و ژنومیکس در قارچ شناسی، سبب شده است قارچ شناسان درصدد تهیه ی نقشه ی ژنتیکی قارچها بر آمده تا بتوانند پرایمرهای یونیورسال و استاندارد را برای تشخیص مولکولی قارچها تهیه کرده و از این طریق روشهای تشخیصی مولکولی قارچها را متداول و فراگیر نمایند. در همین راستا، پایگاه داده های ویژه ای ایجاد گردیده که در بر دارنده ی توالی ژنومی ۱۷ گونه از اعضای شاخه های Ascomycota، Basidiomycota و Zygomycota میباشد. پایگاه داده های ژنومی مزبور که به نام FungiDB (http://fungidb.org) به تازگی راه اندازی شده، میتواند سرچشمه ی مناسبی برای پژوهشگران میکروبشناس و قارچ شناس ایران زمین در پروژه های in silico باشد. پایگاه داده های FungiDB در مقایسه با Ensembl fungi، MycoCosm (http://jgi.doe.gov/fungi) و IMG tools یا Microbes Online از ویژگیهای خاصی برخوردار میباشد. در حال حاضر، توالی ژنوم قارچهای
Aspergillus clavatus، Aspergillus flavus،
Aspergillus fumigatus، Aspergillus nidulans،
Aspergillus niger، Aspergillus terreus، Candida albicans، Coccidioides immitis، Cryptococcus neoformans،
Fusarium graminearum، Fusarium oxysporum،
Fusarium verticillioides (Gibberella moniliformis)، Magnaporthe oryzae، Neurospora crassa، Puccinia graminis، Rhizopus oryzae و Saccharomyces cerevisiae در پایگاه داده های FungiDB در دسترس کاربران میباشد. در پایگاه مزبور، نرم افزارها و امکانات مناسبی برای کاربران در نظر گرفته شده که از طریق آن میتوان اقدام به ارســـــــال توالی یابیهای جدید و یا مقایسه ی توالیهای مورد مطالعه نمود. از آنجاییکه، پایگاه های داده های مربوط به نقشه ی ژنتیکی قارچها بسیار اندک و انگشت شمار میباشد، از اینرو، پژوهشگران ایرانی میتوانند با این پایگاه جدید بیشتر آشنا شده و از امکانات آن بهره مند گردند.
سرچشمه ها:
Stajich JE, Harris T, Brunk BP et al. FungiDB: An integrated functional genomics database for fungi, Nucl Acids Res; Nov 7, 2011.