FungiDB، پايگاه داده هاي نوين مربوط به نقشه ي ژنتيكي قارچها
پيام بهزادي، الهام بهزادي
گروه ميکروبشناسی دانشگاه آزاد اسلامی، واحد شهرقدس
با توجه به روند رو به گسترش دانش ژنوميكس، توالي يابي و شناسايي كامل نقشه ي ژنتيكي موجودات مختلف زنده و از جمله قارچها امري مهم و غير قابل اجتناب است. هر چند كه شناسايي نقشه ي ژنتيكي برخي از ميكروارگانيزمها و ازجمله باكتريها، از پيشرفت زيادي برخوردار بوده؛ اما شمار نقشه ي ژنتيكي كامل قارچها اندك بوده و به همين دليل هنوز پرايمرهاي يونيورسال و استاندارد زيادي براي قارچها طراحي نشده است. با اينحال گسترش و نفوذ پرُسرعت دانش زيست شناسي مولكولي و ژنوميكس در قارچ شناسي، سبب شده است قارچ شناسان درصدد تهيه ي نقشه ي ژنتيكي قارچها بر آمده تا بتوانند پرايمرهاي يونيورسال و استاندارد را براي تشخيص مولكولي قارچها تهيه كرده و از اين طريق روشهاي تشخيصي مولكولي قارچها را متداول و فراگير نمايند. در همين راستا، پايگاه داده هاي ويژه اي ايجاد گرديده كه در بر دارنده ي توالي ژنومي 17 گونه از اعضاي شاخه هاي Ascomycota، Basidiomycota و Zygomycota ميباشد. پايگاه داده هاي ژنومي مزبور كه به نام FungiDB (http://fungidb.org) به تازگي راه اندازي شده، ميتواند سرچشمه ي مناسبي براي پژوهشگران ميكروبشناس و قارچ شناس ايران زمين در پروژه هاي in silico باشد. پايگاه داده هاي FungiDB در مقايسه با Ensembl fungi، MycoCosm (http://jgi.doe.gov/fungi) و IMG tools يا Microbes Online از ويژگيهاي خاصي برخوردار ميباشد. در حال حاضر، توالي ژنوم قارچهاي
Aspergillus clavatus، Aspergillus flavus،
Aspergillus fumigatus، Aspergillus nidulans،
Aspergillus niger، Aspergillus terreus، Candida albicans، Coccidioides immitis، Cryptococcus neoformans،
Fusarium graminearum، Fusarium oxysporum،
Fusarium verticillioides (Gibberella moniliformis)، Magnaporthe oryzae، Neurospora crassa، Puccinia graminis، Rhizopus oryzae و Saccharomyces cerevisiae در پايگاه داده هاي FungiDB در دسترس كاربران ميباشد. در پايگاه مزبور، نرم افزارها و امكانات مناسبي براي كاربران در نظر گرفته شده كه از طريق آن ميتوان اقدام به ارســـــــال توالي يابيهاي جديد و يا مقايسه ي تواليهاي مورد مطالعه نمود. از آنجاييكه، پايگاه هاي داده هاي مربوط به نقشه ي ژنتيكي قارچها بسيار اندك و انگشت شمار ميباشد، از اينرو، پژوهشگران ايراني ميتوانند با اين پايگاه جديد بيشتر آشنا شده و از امكانات آن بهره مند گردند.
سرچشمه ها:
Stajich JE, Harris T, Brunk BP et al. FungiDB: An integrated functional genomics database for fungi, Nucl Acids Res; Nov 7, 2011.
برای دانلود فایلpdf بر روی لینک زیر کلیک کنید
ورود / ثبت نام